Flertalet av alla de som nyttjar, påverkar eller utövar tillsyn av Mälaren är medlemmar i vattenvårdsförbundet. Medlemmar är följande:

Kommuner: Alla 22 kommuner som har en del av Mälaren inom sina gränser: Kungsör, Köping, Hallstahammar, Västerås, Enköping, Håbo, Uppsala, Knivsta, Sigtuna, Upplands Väsby, Upplands-Bro, Järfälla, Stockholm, Sundbyberg, Solna, Huddinge, Ekerö, Botkyrka, Salem, Södertälje, Strängnäs och Eskilstuna

Länsstyrelser: De fyra länsstyrelserna i Stockholms län, Uppsala län, Södermanlands län och Västmanlands län.

Landsting: Landstingen i Stockholms län, Uppsala län och Västmanlands län.

Företag: Företag som utnyttjar Mälaren som recipient för avloppsvatten: Yara AB, Köping, Pfizer Health AB, Ragn-Sells Avfallsbehandling AB och Svensk Oljeåtervinning AB.

Företag som nyttjar Mälaren för dricksvattenproduktion: Mälarenergi AB, Stockholm Vatten och Avfall AB och Norrvatten.

Vattenförbund: Följande förbund som har ansvaret för den samordnade recipientkontrollen i sina respektive tillrinningsområden samt åarnas utsläpp till Mälaren: Arbogaåns vattenförbund, Hedströmmens vattenförbund, Kolbäcksåns vattenförbund, Fyrisåns vattenförbund, Hjälmarens vattenvårdsförbund och Svealands kustvattenvårdsförbund.

Myndigheter: Havs- och vattenmyndigheten,  Sjöfartsverket och Trafikverket.

Intresseorganisationer: VAS-rådet, Mälarens fiskareförbund (Yrkesfiskarna), Sportfiskarna region Mälaren och länsförbunden av Naturskyddsföreningen i Södermanland, Västmanland och Uppsala.