Flertalet av alla de som nyttjar, påverkar eller utövar tillsyn av Mälaren är medlemmar i vattenvårdsförbundet. Medlemmar är följande:
Kommuner
Alla 22 kommuner som har en del av Mälaren inom sina gränser: Kungsör, Köping, Hallstahammar, Västerås, Enköping, Håbo, Uppsala, Knivsta, Sigtuna, Upplands Väsby, Upplands-Bro, Järfälla, Stockholm, Sundbyberg, Solna, Huddinge, Ekerö, Botkyrka, Salem, Södertälje, Strängnäs och Eskilstuna
Länsstyrelser
De fyra länsstyrelserna i Stockholms län, Uppsala län, Södermanlands län och Västmanlands län.
Regioner
Region Stockholm, Region Uppsala och Region Västmanland.
Företag
Företag som utnyttjar Mälaren som recipient för avloppsvatten: Yara AB, Köping, Pfizer Health AB, Ragn-Sells Avfallsbehandling AB och Svensk Oljeåtervinning AB.
Företag som nyttjar Mälaren för dricksvattenproduktion: Mälarenergi AB, Stockholm Vatten och Avfall AB och Norrvatten.
Vattenförbund
Följande förbund som har ansvaret för den samordnade recipientkontrollen i sina respektive tillrinningsområden samt åarnas utsläpp till Mälaren: Arbogaåns vattenförbund, Hedströmmens vattenförbund, Kolbäcksåns vattenförbund, Fyrisåns vattenförbund, Hjälmarens vattenvårdsförbund och Svealands kustvattenvårdsförbund.
Myndigheter
Havs- och vattenmyndigheten, Sjöfartsverket och Trafikverket.
Intresseorganisationer
VAS-rådet, Mälarens fiskareförbund (Yrkesfiskarna), Sportfiskarna region Mälaren och länsförbunden av Naturskyddsföreningen i Södermanland, Västmanland och Uppsala.