Flertalet av alla de som nyttjar, påverkar eller utövar tillsyn av Mälaren är medlemmar i vattenvårdsförbundet. Medlemmar är följande:

Kommuner

Alla 22 kommuner som har en del av Mälaren inom sina gränser: Kungsör, Köping, Hallstahammar, Västerås, Enköping, Håbo, Uppsala, Knivsta, Sigtuna, Upplands Väsby, Upplands-Bro, Järfälla, Stockholm, Sundbyberg, Solna, Huddinge, Ekerö, Botkyrka, Salem, Södertälje, Strängnäs och Eskilstuna

Länsstyrelser

De fyra länsstyrelserna i Stockholms län, Uppsala län, Södermanlands län och Västmanlands län.

Regioner

Region Stockholm, Region Uppsala och Region Västmanland.

Företag

Företag som utnyttjar Mälaren som recipient för avloppsvatten: Yara AB, Köping, Pfizer Health AB, Ragn-Sells Avfallsbehandling AB och Svensk Oljeåtervinning AB.

Företag som nyttjar Mälaren för dricksvattenproduktion: Mälarenergi AB, Norrvatten, Stockholm Vatten och Avfall AB och Telge Nät.

Vattenorganisationer

Vattenförbund: Arbogaåns vattenförbund, Hedströmmens vattenförbund, Kolbäcksåns vattenförbund och Fyrisåns vattenförbund.

Vattenvårdsförbund: Hjälmarens vattenvårdsförbund och Svealands kustvattenvårdsförbund.

Vattenråd: Enköpingsåarnas vattenråd, Hågaåns vattenråd, Råcksta Å vattenråd, Sagåns vattenråd och Örsundaåns vattenråd.

Myndigheter

Havs- och vattenmyndigheten,  Sjöfartsverket och Trafikverket.

Intresseorganisationer

VAS-rådet, Mälarens fiskareförbund (Yrkesfiskarna), Sportfiskarna region Mälaren och länsförbunden av Naturskyddsföreningen i Sörmland, Västmanland och Uppsala.