I april 1999 antog riksdagen femton nya miljömål som idag blivit sexton. Dessa anger den miljökvalitet som ska uppnås i ett generationsperspektiv. Flera miljömål berör sjöar och vattendrag. Mera direkt berörs inlandsvattnen av miljökvalitetsmålen Bara naturlig försurning, Giftfri miljö, Ingen övergödning, Levande sjöar och vattendrag samt Grundvatten av god kvalitet. Därtill påverkas sjöar och vattendrag av mål som rör luftkvaliteten, våtmarkerna, skogen, odlingslandskapet och den bebyggda miljön.
Mälarens vattenvårdsförbund har tagit fram delmål för Mälaren för tre av de nationella miljömålen, nämligen Ingen övergödning, Levande sjöar och vattendrag samt Giftfri miljö. Läs mer i Miljömål för Mälaren 2004.
Förbundet har också gjort en deluppföljning av miljömålet Ingen övergödning. I rapporten Uppföljning av miljömålet, ingen övergödning beskrivs hur utvecklingen sett ut. Vid tidpunkten för utvärderingen var det svårt att uttala sig om man skulle nå det mål som satts upp för Mälaren till 2010.
EU:s ramdirektiv för vatten
Enligt EU:s ramdirektiv för vatten, som antogs 2000, ska alla vatten nå god ekologisk och kemisk vattenstatus senast 2015. Genom det så kallade vattenförvaltningsarbetet har Sverige därmed fått ytterligare mål för vattenkvalitet, utöver de redan antagna miljömålen.
I Mälaren har miljökvalitetsnormer angetts för de olika delarna (så kallade vattenförekomsterna) av sjön. Mälaren är för närvarande uppdelad i nio vattenförekomster, men kommer att delas upp ytterligare i drygt 30 (se figur nedan) för att få en mera differentierad bild av statusen.
I Mälarens olika delar ska god ekologisk status nås vid varierande tidpunkter, antingen 2015 (de som redan har god status) eller 2021 (för de delar som inte når god status idag). De inre delarna av Köpingsviken och Västeråsfjärden ska nå god ekologisk potential som innebär något mindre stränga krav, eftersom de är så påverkade av hamnverksamheten som bedrivs där.
På samma sätt ska god kemisk status nås i Mälarens alla delar.
Information om hur vattenstatusen ser ut i Mälarens olika delar och vilka målen är finns i databasen VISS.